Neues tool Minen whole-exome sequencing Daten übereinstimmen Krebs mit der besten Droge

Eine Universität der Colorado-Krebs-Studie, veröffentlicht heute in der Zeitschrift der American Medical Informatics Association (JAMIA) beschreibt ein neues tool, interpretiert die Rohdaten der ganze tumor exom-Sequenzierung und dann passt der Krebs die einzigartige Genetik der FDA zugelassene gezielte Behandlungen.

„Whole exome-Sequenzierung immer mehr Patienten, und dieses tool wird Ihnen helfen, konvertieren Sie die Sequenzierungs-Daten, um Kandidaten-Gene, und verknüpfen Sie Sie mit Therapien“, sagt Aik Choon Tan, PhD, investigator an der CU Krebs-Mitte, außerordentlicher professor für Bioinformatik an der CU School of Medicine, und das Papier ist senior-Autor.

Das tool, genannt die Integration von Molekularen Profilen mit wertvollen Therapeutika, oder die AUSWIRKUNGEN, beginnt mit der generierten Daten mittels whole-exome sequencing – ein string, A, T, C und G, die Hunderte von Millionen Buchstaben lang. AUSWIRKUNGEN ordnet dann diese Zeichenfolge auf, die das menschliche Genom zu partition die raw-Daten in Segmente, die entsprechen den körpereigenen etwa 20.000 Gene. Das tool vergleicht dann den code dieser Gene zu den „normalen“ gen-Muster zu entdecken, welche Gene unterscheiden sich in einer Weise, die Sie leiten könnte die Entwicklung von Krebs. (In einem zweiten Schritt die AUSWIRKUNGEN zählt auch die Anzahl der gen wiederholt, die, wenn eingestellt, die höher oder niedriger kann auch fahren, das Wachstum von Krebszellen.)

„Jetzt haben wir eine Liste von Kandidatengenen,“ Tan sagt. „Der nächste Schritt ist die Verknüpfung von Kandidaten-Genen und Therapeutika.“

AUSWIRKUNGEN hat dies durch den Abbau von öffentlich verfügbaren Daten, einschließlich der für die NCI-MATCH klinischen Studie und der Datenbank an MyCancerGenome.org zu entdecken, die von der FDA zugelassenen Therapien Ziel dieser Kandidaten-Gene.

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